由公司承担赔偿责任的。
公交公司作为专业的汽车客运单位，在招聘驾驶员时，合同中肯定对发生事故后怎么处理有明确规定，或者明确规定发生事故后按公司有关规定处理，并告知这公司的有关处理规定。常见的，是保险理赔之外部分，或者按比例承担，或者赔偿由公司承担，但扣发你奖金、部分工资等等。如果合同的约定或公司的规定没有违法之处，你在应聘时又认可了，发生交通事故后损害赔偿的责任就按双方的约定或公司的规定处理。具体处理时，一般是公司先赔偿对方，然后按约定向你追偿或扣发。
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