光学显微镜分辨率较低，只可以看到细胞中相对较大、有色（或染色后有色）的细胞结构，如：染色体（用碱性燃料染色后观察）、细胞核及其中的核仁（折光性与细胞其他部位有差异可观察）、叶绿体（内含有色素可观察）、线粒体（健那绿染色后可观察）、大液泡（通常含色素可观察）。在光学显微镜下可以观察到的结构称为细胞的显微结构。
电子显微镜分辨率较高，可以看到细胞中的所有结构。在电子显微镜下可以观察到的结构称为细胞的亚显微结构。
1、光学显微镜可以看到：细胞壁、细胞核、细胞质，绿色的植物还能看到叶绿体。
2、电子显微镜可以看到：细胞壁、细胞膜、细胞核、液泡、细胞质，绿色植物还能看到叶绿体。
理论上讲电子显微镜的分辨率更高，因此光学显微镜能看到的，电子显微镜都能。电压足够高的话，电镜可以看到原子。
两种都可以！区别是电子显微镜有显示屏，更直观！
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