呼吸作用的第一阶段（有氧呼吸和无氧呼吸的第一阶段相同）在细胞质基质相关酶的作用下进行，有少量[H]生成，反应式（以葡萄糖为呼吸底物时）为：
C6H12O6（葡萄糖） →(酶）2C3H4O3(丙酮酸)+4[H]+2ATP
有氧呼吸的第二阶段在线粒体基质内相应酶的作用下进行，反应式为：
2C3H4O3（丙酮酸）+6H2O →(酶）20[H]+6CO2+2ATP
尽管在上述两个反应式中出现的均是[H]，但却包括两种不同的物质，分别是NADH2（还原型辅酶Ⅰ）和FADH2（还原型黄酶）。
根据以上分析可知，光合作用中的[H]就是NADPH；呼吸作用中的[H]并非NADPH，而是NADH2和FADH2；[H]包括光合作用和呼吸作用中所生成的不同类型的还原态氢，因此，不能简单的认为[H]等同于NADPH。当然，尽管[H]类型不同，其作用对象也不同（NADPH作用对象为三碳化合物<一般写作C3>，NADH2和FADH2作用对象为O2），但它们都属于强还原性物质，从这个角度又可将它们统称为[H]。
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