一经确诊后，均应手术将囊肿完整摘除。手术是皮脂腺囊肿惟一的治疗方法。手术中可在与囊肿相连的皮肤，尤其是见到导管开口时，沿着皮纹方向设计梭形的皮肤切口，连同囊肿一起摘除。分离时应特别小心，囊壁很薄，应当尽量完整地摘除。如果残留囊壁，则易于复发。如果术前有红肿热痛等炎症表现，则应首先控制炎症，后期再安排手术。
