二者没有所学内容上的区别。结构工程是科学学位硕士的专业名称，建筑与土木工程是专业学位硕士的专业名称。有没有涉及管理方面的知识跟导师的研究方向无关，与专业方向无关。但从两种学位的培养初衷而言，科学学位的培养目标是科研型人才，主要是从事结构设计研究的；专业学位的培养目标是应用型人才，主要是从事结构设计工作的。目前，我国这方面的培养还不到位，培养目标与最终的就业情况并不相吻合。这两个专业的毕业生，绝大部分都去设计院了。
