刑事案件派出所立案，双方调解后，会有案底吗

依照法律规定，派出所已经立案的仍然会将案件移送检察院审查起诉，然后检察院向法院提起公诉，检察院认为情节轻微的，也可以不起诉。当事人之间达成调解协议或者和解协议，属于从轻处罚情节。对于检察院不起诉的，因是无罪处罚，不会留案底。如果派出所未刑事案件立案，而立的是治安案件，派出所调解后就有可能不移送起诉了，就不会案底，但这是违背法律规定的。
《刑诉法》条文：
第二百七十七条
下列公诉案件，犯罪嫌疑人、被告人真诚悔罪，通过向被害人赔偿损失、赔礼道歉等方式获得被害人谅解，被害人自愿和解的，双方当事人可以和解：
（一）因民间纠纷引起，涉嫌刑法分则第四章、第五章规定的犯罪案件，可能判处三年有期徒刑以下刑罚的；
（二）除渎职犯罪以外的可能判处七年有期徒刑以下刑罚的过失犯罪案件。
犯罪嫌疑人、被告人在五年以内曾经故意犯罪的，不适用本章规定的程序。
第二百七十八条
双方当事人和解的，公安机关、人民检察院、人民法院应当听取当事人和其他有关人员的意见，对和解的自愿性、合法性进行审查，并主持制作和解协议书。
第二百七十九条
对于达成和解协议的案件，公安机关可以向人民检察院提出从宽处理的建议。人民检察院可以向人民法院提出从宽处罚的建议；对于犯罪情节轻微，不需要判处刑罚的，可以作出不起诉的决定。人民法院可以依法对被告人从宽处罚。