一个合同，甲方和乙方都是公司不是个人，但是合同损害了第三人的利益，这合同有效吗

无效。
合同（协议书）涉及到第三方人的利益，末经第三方的同意该协议对第三人不具有约束力，如果双方恶意串通，协议书无效。
根据我国《合同法》规定，协议书双方恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益，合同无效。
法律依据：
《中华人民共和国合同法》
第五十二条 有下列情形之一的，合同无效：
（一）一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益；
（二）恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益；
（三）以合法形式掩盖非法目的；
（四）损害社会公共利益；
（五）违反法律、行政法规的强制性规定。
第五十六条 无效的合同或者被撤销的合同自始没有法律约束力。合同部分无效，不影响其他部分效力的，其他部分仍然有效。

一个合同内容不违法，双方签字盖章后就具有法律效力。如果合同损害了第三人的利益，第三人可以找合同双方协商解决，如果协商不成可以向人民法院提起诉讼，依法解决问题。

合同对于甲乙双方有约束力，但是对第三方没有约束力，如果合同损害第三方利益，可以向法院起诉主张合同无效。

合同双方签字确认后就有效，如果损害到第三方利益，第三方可以到法院起诉。

合同本身是有效的，不管是没损害，第三方，只要双方同意，他就是可以生效的

只有合同履行的过程，中中地对第三方造成了实际的损害，第三方才可以去起诉甲方乙方个公司来维护自己的权益