A、做预实验的目的是探索实验条件，也可以检验实验设计的科学性和可行性，因此在正式实验前先做一个预实验，可避免实验的盲目性和资源的浪费，A正确；
B、生长素只能从形态学上端运输到形态学下端，并且只有形态学下端能够生根，因此枝条的上下端不能颠倒，B正确；
C、由于芽能够产生生长素，并且生长素能够促进扦插的枝条生根，因此扦插的枝条常带有3～4个芽，C正确；
D、在探究生长素类似物促进插条生根的最适浓度的实验中，需要设置一组只加蒸馏水的对照组，来确定其生理效应是促进作用还是抑制作用，此外不同的生长素浓度也是相互对照实验，D错误．
故选：D．
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