A、生物进化的实质是种群基因频率的改变，因此种群基因频率的改变导致生物进化，但并不一定出现新的物种，A正确；B、只有可遗传的变异能为生物进化提供原材料，B错误；C、基因突变是不定向的，不能决定生物进化的方向，自然选择决定生物进化的方向，C错误；D、二倍体西瓜与四倍体西瓜能杂交形成三倍体西瓜，但三倍体西瓜不育，因此二倍体西瓜与四倍体西瓜之间存在生殖隔离，D错误．故选：A．
