日本驻上海领事网站的内容没有问题。入境日的次日开始算日数是对的。到按你的实际例也是对的,不过成田机场深夜0点到达的飞机(刨除晚点飞机)现在是没有的,所以你要等到0点办理如果手续是不可能的。现在成田空港原则上是6点到23点,23点后基本上是要清场的。羽田空港现在原则上5点到24点既0点因为国际航线是有深夜0点晚点到达的飞机,不过你要是等上几个小时在办理入国手续的话很有可能会引起怀疑询问。你的行李没人认领也是比较麻烦的。入国手续是在领取行李之前办理的。
日本签证停留15天是从入境的第二天开始算起,一共可以停留16天,包括入境的当天。