我觉得有两方面的原因：第一个就是万历皇帝因为年少时候的事情记恨张居正，第二个就是张居正的门生潘晟连累他失去名誉。这两个原因导致了张居正虽然是劳累致死、兢兢业业，却在时候没有得到好下场的结果。要说第一个原因呢，还要从万历皇帝十八岁的时候说起。
因为万历皇帝继位的时候很小，所以依靠的是辅政大臣来治理国家。在万历皇帝十八岁的时候，有一次他喝醉了酒，调戏了宫女，被太监冯保告诉了太后，太后知道以后特别愤怒，差点废了万历皇帝的帝位，然后命令张居正劝谏皇帝要以身作则，改变自己的作风，还让万历皇帝写了罪己诏，并且罚他在太后的宫里跪了好久，从那以后，万历皇帝就对张居正和太监冯保怀恨在心。要知道皇帝写罪己诏就像我们写悔过书一样，很伤自尊的。
张居正还是首辅大臣的时候，曾经推荐了自己的门生潘晟入朝为官。可能是由于张居正辅政的时候树敌太多，在他死后仅仅4天，一共七名言官联合弹劾潘晟，结果潘晟被炒鱿鱼了，然而一切并没有结束，由于潘晟是张居正推荐的人，所以那些言官又把矛头指向了张居正，结果张居正也被抄家了，亲属要么饿死要么流放，结局很惨。万历皇帝甚至想要挖他的坟墓鞭尸，可是舆论压力太大，最后放弃了。
张居正其实真的是一位贤臣，他辅政的时候，国家财力雄厚，百姓生活安乐，并且推行了很多惠民政策，只可惜死后万历皇帝放飞自我，使张居正没有落得好下场，好在后来天启皇帝为他平反，恢复了名誉。
万历心胸狭隘，对于醉酒后调戏宫女被张居正劝谏一事一直耿耿于怀、怀恨在心。
因为张居正虽然忠心耿耿，但是因为这件事情得罪了很多人，所以这些人才会想要在他死后进行侮辱。
如果世人只知道张居正，而不知道万历了，那他不清算他还要敬着他的，万历也绝对是明君了。
因为万历非常的痛恨张居正，所以在张居正死后还要进行对他展开报复，清算了他
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