海马具有温肾壮阳，调气活血，散结消肿的功能。主要用于治疗肾阳不足引起的阳痿遗精，形寒肢冷，腰酸腿软，夜尿频繁，或妇女白带清稀而多；症瘕积聚引起的腹部肿块；跌打损伤所致的淤血肿胀作痛。还可治疗毒疮疖，尤其小儿暑疖，脓包疮，由于抵抗力低下而引起者，内服外用(粉末)均可。对肾阳虚引起的喘咳有类似于蛤蚧的治疗作用。
现代临床上还用于淋巴结核。
