A、基因突变的有害或有利是相对的，往往取决于环境条件，A正确；B、形成新物种不一定经过基因突变、自然选择，如植物多倍体的形成，B错误；C、生物体内的基因突变属于可遗传变异，C正确；D、环境条件稳定时种群的基因频率也会由于基因突变、迁入迁出等发生变化，D正确．故选：B．
