A、自然选择通过保留保留有利表现型个体和淘汰淘汰不利表现型个体，决定生物进化的方向，A错误；
B、新物种的形成必须经过生殖隔离，新物种形成不一定要经过长期的地理隔离，如多倍体的形成，B错误；
C、影响基因频率改变的因素包括：突变和基因重组、自然选择、迁入和迁出、遗传漂变等，C正确；
D、若某大种群经历环境巨变后只有少数个体存活，原因是该个体适应环境，这些个体繁殖会使控制此形状的基因频率上升，故当数量恢复到原规模后，基因频率已经发生改变，D错误．
故选：C．
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