哲学物质范畴和自然科学的物质结构理论的关系是共性和个性的关系。
1、哲学物质概念概括了整个世界的万事万物，指的是自然界和社会各种物质具体形态的共同的唯一特性。自然科学的物质概念只涉及物质世界中自然界的一部分，只涉及物质形态的具体特性。一个人即使承认了自然界各种事物的客观性，并不等于他一定能承认社会领域事物的客观性。
2、自然科学的物质概念是哲学的物质概念研究的基础并提供证明，哲学的物质概念为自然科学的物质概念和研究提供指导。
辩证唯物主义认为，哲学上的物质范畴和自然科学物质结构的关系是共性和个性的关系。自然科学的物质结构是哲学物质范畴的基础；哲学上的物质范畴作为共性是对自然科学物质结构的抽象和概括，并为自然科学物质结构的研究提供世界观和方法论。
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