默认情况不会的，安装apk是手动的，除非你是下载自动安装。
system/app为系统自带的软件目录，一般正常情况下不能卸载，如果卸载需要ROOT权限，同理，如果你删除了，恢复出厂设置之后这些软件也会跟着恢复的。
