A、DNA分子中碱基的排列顺序千变万化是DNA分子具有多样性的原因，A正确； B、DNA分子中碱基对的排列顺序千变万化是DNA分子具有多样性的原因，B正确； C、DNA分子中脱氧核苷酸的排列顺序千变万化是DNA分子具有多样性的原因，C正确； D、DNA分子中脱氧核糖和磷酸的交替连接，构成DNA的基本骨架，不是DNA分子具有多样性的原因，D错误．故选：D．
