食品检验机构责任追究机制主要实行食品检验机构与检验人负责制和首长问责制。
中心领导层，必须确保食品检验岗位不聘用非正式职工或法律规定禁止从事食品检验工作的人员，并保证食品检验人员的稳定，保证检验人员和管理人员不受任何压力和影响，确保实验室的独立性和公正性；检验人员必须保证食品检验信息的真实，结果报告的准确、公正和可靠，规范检验行为。
检验责任追究的原则：实事求是、客观公正，分级负责，有责必问、有错必纠、教育与惩处相结合、处分与责任相适应等。
违法行为的责任追究：
一对出具虚假检验报告、不履行或者不正确履行职责，以致影响执行力和公信力，贻误检验工作或者损害客户合法权益等行为实行责任追究。
二出具虚假检验报告或出具食品检验报告不实造成严重后果的或在资质认定证书暂停期间对外出具检验报告的，主动接受授予资质的主管部门或机构撤销本机构的检验资格，并分别追究直接过错责任人（直接负责的主管人员、食品检验人员、岗位责任人等食品检验、审核、批准等相关人员），直至科室负责人、中心分管领导、机构最高管理者的相应责任。特别严重者将依法给予撤职或者开除处分。
三过错责任人的责任追究，主要包括：
1、诫勉谈话、限期整改；
2、责令书面检查、通报批评；
3、建议给予行政处分或进行行政处分。
责任追究对象为五类追究责任主体：党委（党组）主要领导和有关领导、组织人事部门主要领导和有关领导、干部考察组负责人和有关人员、纪检监察机关有关领导和人员、以及其他有关的领导和人员。
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