不会罚款的，根据丢失情况要做好几个动作，如果只丢失了发票联或抵扣联，另一联还在，可以认证抵扣，如果二联都丢失了，购货方应当向销售方申请提供记帐联复印件，并要销售方到其主管税务机关开具《丢失增值税专用发票已报税证明单》以备当了税务机关现场稽查用。在现阶段勾选认证情况下，如果不考虑税务部门检查凭证，也可以直接勾选认证的。
