by plane=by air，都是乘飞机的意思，是固定搭配，没有by fly这一表达形式
by有表示搭乘的意思例如:by bike by bus
by 是介词 后面跟名词性词或词组。而fly作为名词的意思是苍蝇
一般fly是对于飞船用的 使句子更形象而飞机之类的则用air
