湖面水位随着雨季、旱季的交替而变化，雨季5—10月水位上升；旱季12月到次年4月水位下降。表层水温通常为24℃，底层为16℃。湖中有大小岛屿400多个，最小的只有几百平方米，绝大多数岛屿树木繁荫，热带果树常年葱绿，少数岛屿有居民定居。湖中最大的岛是奥梅特佩岛，长26千米、宽13千米，面积达300多平方千米。从该岛发掘出来的大量古代石像和陶器，表明这里曾是美洲古代文明的遗址。岛上盛产咖啡、可可、玉米、香蕉和其他水果，还有棉花和烟草。现在太平洋与尼加拉瓜湖之间有19千米的地峡相连，地峡中水深不一，约在23米至70米之间。湖水通过圣胡安河流入加勒比海。有蒂皮塔帕河与西北方的马那瓜湖相通。
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