副院长职位更高。
1、副院长处理事情时可以以自己的名义处理，而院长助理就必须经过院长，助理的职权是由院长赋予的。
2、院长助理，其级别和各个部门负责人相当，但其级别低于副院长。院长助理升迁后，其职位一般为副院长或其他部门的负责人。
3、以直辖市或者副省级城市辖区内的医院为例，这个医院是正处级别（副省级城市大部分医院都属于处级，极少数还是科级），院长就是正处级干部，副院长为副处级干部，院长助理可能就是正科级干部。
扩展资料
1、公务员职位类别按照公务员职位的性质、特点和管理需要，划分为综合管理类、专业技术类和行政执法类等类别。根据本法，对于具有职位特殊性，需要单独管理的，可以增设其他职位类别。各职位类别的适用范围由国家另行规定。
2、根据工作需要和领导职务与职级的对应关系，公务员担任的领导职务和职级可以互相转任、兼任;符合规定资格条件的，可以晋升领导职务或者职级。
3、综合管理类公务员职级序列分为:一级巡视员、二级巡视员、一级调研员、二级调研员、三级调研员、四级调研员、一级主任科员、二级主任科员、三级主任科员、四级主任科员、一级科员、二级科员。
参考资料来源：百度百科-院长-职称设置