对的 你说的对。抗生素标记基因若被破坏，其抗性产物不能表达 抗性不复存在。因此就不能按照抗生筛选了。
但一般构建成功的质粒 你导入目的基因都将是被插入多克隆位点的，不会破坏抗性基因。因此可依赖抗性筛选。
万一你的实验设计很特别， 那只好采用影印平板法进行反向筛选：采用具有抗性质粒的菌株作为出发菌株进行重组，先将重组菌株培养在无抗性平板上，等长出菌落以后，影印于另一个加抗生素的平板上培养，对比2个平板，查看无抗平板上的、没有抗性的菌落。同法反复筛选 则可。
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