以下是我的愚见，才疏学浅，见笑了
首先帝国自己有内伤：
1帝国强制征兵、连年征战，国力和民力伤耗很大并且激起了民怨，他本人的支持率在走下坡路。拿破仑第一次倒台的时候大多法国人似乎对波旁王朝并不反感……而且内部有反对势力，比如保王党，以及有内奸（最有名的就是帝国双奸富歇&塔列朗）：总之帝国内部是不稳定的
2帝国的外交政策也有问题，拿破仑不懂制衡之道，一味的以一种蛮横的姿态、去胁迫他国（很多时候靠暴力），我想塔列朗的背叛原因之一可能就是皇帝不同意他的外交政策，他认为法国无望了……而且他的盟友很少也很不可靠，大多都是抱大腿的，其余的也是态度模糊
3最失败的就是大陆封锁政策，首先网撒得太大总会有漏，这个政策不能完全封锁英国（路易为了争取民心就纵容荷兰人走私，最后丢了王位……），却耗尽了法军的警力资源，况且英国还有如此多的海外殖民地呢……结果反而把自己封锁了，这也是拿破仑支持率降低的原因之一。还有大陆封锁政策也恶化了法国和他国的关系……
4拿破仑册封新贵族的行为也让人不满（也让农民不安），即使大部分新贵名流都是有才之人、而且并没有王国时代贵族那么多特权（比如免税什么的）……
外伤更也有一大堆:
1欧洲其他“正统”王室为了自己的统治不会容忍拿破仑这个暴发户的存在……所以他们会一次又一次的建立反法联盟，直到击倒拿破仑，重塑旧欧洲的秩序
2在与拿破仑对抗的过程中，许多原来不堪一击的国家及其军队取得了不小的提升，比如普鲁士的改革（施泰因），奥地利的军事改革，拿破仑自己都不得不承认，他本人在1813年的包岑战役（或者是卢岑记得不是很清楚）时，看了普鲁士军队的表现后也不得不说：“没想到这些CHU生也学到了东西！”
3反法联盟毕竟是N个大国组成，战争潜力比法国大得多（法国除了本土军队以外，也只有波兰意大利等小国家提供军队）。莱比锡大战的时候，联军不知道比法军多多少……
PS几点
1拿破仑本人也许是受了科西嘉传统的影响，家庭观念很重，多次对犯错的和他有裙带关系的人加以容忍，比如一直和拿破仑不合的贝尔纳多特元帅（拿破仑哥哥约瑟夫妻子的妹妹，也就是拿破仑初恋情人德雷西的丈夫……）在耶拿-奥尔斯泰特战役是消极作战，既不去奥尔斯塔特援救达武也没赶到耶拿战场，拿破仑宣称要惩罚他其实没有……日后这个家伙当上了瑞典王储，据说1812的时候就暗中捅法国刀子，1813年倒戈加入了第六次反法联盟（他是“北方军总司令”）。再比如说热罗姆，拿破仑很溺爱这个小弟，不过这小子算是纨绔子弟，在1812的俄国远征中耍脾气跑了，拿破仑也没怎么追究，他1815滑铁卢又坏了事（当然影响不像格鲁希、苏尔特之流那么大，），而且很多亲人都靠不住，比如缪拉夫妇（拿破仑妹妹&妹夫），一天到晚玩弄权术、野心勃勃，缪拉为了保住王位还和反法联盟签过约（具体不太清楚……）……
2根据麦克林恩的说法，帝国大军黄金时期的军官后期大多死了或退役了，新兵的素质和他们不能比（可以去看一下麦克林恩写的《拿破仑传》，读者评价比艾伦-肖姆的《大传》好多了……）
再PS关于元帅：能独挡一面的也就达武、马塞纳、絮歇、拉纳，专业人才有贝尔蒂挨（参谋长）、缪拉（骑兵指挥）、乌迪诺（掷弹兵）之类的……拿破仑在百日时期简直浪费人才，放着絮歇、达武、马塞纳（还有勒菲弗尔、乌迪诺）不用（“用”指的是带在身边），竟然将内伊（匹夫之勇&冲动）和格鲁希（缺乏魄力）之流带在身边，还把苏尔特（善于发天书式命令）这个尚能一用的放在参谋长的位置上……
再再PS关于参谋部，拿破仑时代有了参谋部雏形，后来被普鲁士人整成了参谋部
再再再PS感谢这个问题，让我把知识总结了一遍
一.我个人认为拿破仑的第一次失败是由于自己的问题，过于自大，并且他没想到俄国人会放弃自己的首都；但是第二次失败就不光是他的问题了。首先，拿破仑刚刚回到法国，还没有来得及整合一下部队反法联盟就已经打进来了，而当时的法国还没有缓过来，仓促应战谁都不可能打赢，之后在关键的滑铁卢之战中由于法军援军没能及时赶到才导致了拿破仑最终的失败。
二.滑铁卢失败后，拿破仑本来没有打算放弃，还准备最后放手一搏，但是一个很重要的人使他放弃了，她就是拿破仑年轻时的恋人欧仁妮，当时的欧仁妮即将成为反法联盟中瑞典的王后，她的出现最终使拿破仑看到他掌权时所造成的后果：20年的战争导致200万法国人死亡，法国大革命的物质成果被他挥霍一空，最终拿破仑选择了放弃，甘愿到圣赫勒拿岛了此余生。
三.你所说的焦土战术在法国不怎么行得通，首先法国没有俄国那么大的领土以及纵深，然后法国大部分地区是平原，地理位置不好，其次法国的气候不像俄国那样恶略，最后如果把反法联盟放进来，那法国的人民就惨了，因为法国的人口密集程度比俄国高多了，拿破仑进攻俄国是会遇到上百公里每一个人的情况，但是法国不存在这种状况，所以实行焦土战术最终害苦的是人民，拿破仑是绝对不愿意为了自己而牺牲这么多人民的。
四.不得不说的是，拿破仑的一生与项羽十分相似，造成拿破仑失败的罪魁祸首是他的自大，不是他不愿用人，也不是无人可用，你想想，当时有那个人在军事上的造诣能过超得过拿破仑？恐怕没有吧，就连反法联盟都是靠人多才击败法国的，所以你想想你会让一个军事指挥能力都不如你的人来指挥你的军队吗，肯定不可能的，所以正是由于拿破仑在军事上的天赋太高导致他的手下没有一个能够独挡一面。至于你说的那些制度，我想拿破仑不是不愿意使用，而是当时的客观情况不允许他使用，你要搞明白拿破仑是皇帝，法国是独裁统治，在一个独裁统治的国家里搞总参谋部这样的东西是行不通的，至于为什么你可以参考一下戊戌变法。再说以拿破仑这样的军事天才，还需要别人的意见吗？官员轮换制度在当时是根本不可能实行的，当时的法国贵族的力量是十分巨大的，他们并不想让拿破仑当皇帝，他们时时刻刻都想推翻拿破仑，只是没有好的借口，一旦拿破仑采用官员轮换，那势必将触动所有贵族的利益，拿破仑再牛他也不敢得罪全法国的贵族。
最后，来说说议和的问题。你把当时的情况想得太简单了，在当时即使拿破仑想要议和，也绝对不会成功，拿破仑出色的指挥已经使所有的欧洲列强将他视为眼中钉，反法联盟中的任何人都不愿意放过拿破仑，这么说吧，即使拿破仑把整个法国送给反法联盟以求议和都不会有人答应。拿破仑已经把反法联盟打怕了，所以任何国家都不会容忍这样一头猛虎谁在自己身边，所以拿破仑不可能有议和的机会。实际上，当时拿破仑已经不准备议和了，他看清了自己这20年来的所作所为，他知道他给这个国家带来了多少伤害，多少痛苦，他已经心灰意冷了，所以他也不愿意议和。
总结一下，拿破仑也许是这个世上绝无仅有的军事天才，可是他在政治上除了一本《民法典》之外几乎毫无作为，拿破仑跟项羽几乎可以说是惊人的相似，他俩都是全天下举世无双的将帅之才，但却不是一个好的君主，这不能不说是一种悲哀吧
拿破仑有两个最大的失误，一是他自以为带领的法国很强大，强大到他不需要任何盟友，不断的胜利也仿佛在证明他的法国是不可战胜的，我不知道他是否有一统欧洲的雄心，但是他让欧洲各国都感到了他的咄咄逼人，使得欧洲各国统一起来联合对抗法国，如果他能向中国历史上的秦学习，远交近攻，也许统一欧洲也未必是不可能的。第二个失误就是对俄国的战争，这一战将法国最精锐的士兵大半永远的留在了俄罗斯的冰天雪地，法国因此元气大伤，这也是造成滑铁卢大败的重要原因，其实在之前，俄罗斯和法国的关系很好，完全可以用俄罗斯牵制奥地利，普鲁士等欧洲国家，让法国腾出手来全力对付宿敌英国，可是狂妄自大的拿破仑，他已经被一次又一次的胜利冲昏了头脑，轻率的决定全起六十万精锐对俄罗斯发动全面战争，这一场战争不仅损失了精锐的士兵，更消耗了法国的国力，削弱了拿破仑的威望。
对于楼主的其他问题，我个人认为，拿破仑对于用人方面，由于他是将军，更强调勇气，毅力，对于中国擅长的计谋并不是很看重，说实话欧洲也没几个这方面人才。法国是治本主义国家，当时的法国并没有亡国危险，是法国倒台的封建国王和外国联合对抗拿破仑，国内也有反对势力，使得法国很难统一力量全力对外，法国由于地缘关系，使得法国海军没有英国海军那样的光荣传统，在特拉法尔加海战中实力占优的法国舰队被纳尔逊指挥的英国海军打得一败涂地，
拿破仑之前第一共和国，资产阶级并未彻底消灭封建势力，没有发动圈地运动这类活动破坏封建经济。他的眼光从他的领土规模可以看出来，再说没利益也没人会打仗，他也不是说打就打的。焦土有多大坏处你知道么？那还不如无条件投降，杀敌一千自损八百，又不是生死之战，反法联盟是为了复辟波旁王朝，没人会支持拿破仑那么做。任何统治者都有局限，但决定大局的永远是阶级力量。
没有哪场战争真的是由于军事的失利才导致的失败。
战争是双方综合实力的较量。
一个战役的失利如果能决定战争的胜负，那谁也不用考虑战场以外的事了。
拿破仑失败的原因，我觉得就是2点，他当了皇帝，他侵略其他国家。
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