根据《增值税暂行条例》第八条规定：纳税人购进货物或者接受应税劳务（以下简称购进货物或者应税劳务）支付或者负担的增值税额，为进项税额。
下列进项税额准予从销项税额中抵扣：
（一）从销售方取得的增值税专用发票上注明的增值税额。
根据《增值税暂行条例》第十条第（一）项规定：用于非增值税应税项目的进项税额不得从销项税额中抵扣。
因此，购入原材料其增值税专用发票上注明的进项税额允许从销项税额中抵扣，而自建固定资产购入工程物资属于用于非增值税应税项目，其进项税额不得从销项税额中抵扣。
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