芹菜主要害虫有蚜虫、斑潜蝇、根结线虫等。蚜虫可用10%吡虫啉可湿性粉剂3000倍液或50%抗蚜威可湿性粉剂2000倍液喷雾。斑潜蝇可用50%潜克可湿性粉剂3500～4000倍液或1.8%阿维菌素乳油3000倍液喷雾。根结线虫可在播种或定植时，每亩沟施或穴施10%力满库（克线磷）颗粒剂5千克。在生长期间也可用1.8%阿维菌素乳油1000倍液灌根。
芹菜作为一种茎秆叶类蔬菜，具有降血压的功效， 营养丰富，在蔬菜中占据一定地位，在种植过程中可以用德默尔天叶的浓缩磷钾精，效果是单一磷酸二氢钾的八倍，增产显著，还可以用作物专用叶面肥，整个作物生长期都能使用
芹菜比较常见有
芹菜软腐病，选用氢氧化铜、辛菌胺、中生菌素、叶枯唑、农用链霉素防治，间隔5-7天再治一次，治2-3次。
芹菜斑枯病，选用苯甲.嘧菌酯，咪鲜胺锰盐，苯醚甲环唑，苯甲.醚菌酯，氟硅唑 +叶面肥喷雾防治，间隔5-7天再喷一次，喷 2-3次。
芹菜叶斑病，选用苯甲.嘧菌酯，咪鲜胺锰盐，苯醚甲环唑，苯甲.醚菌酯，氟硅唑 +叶面肥喷雾防治，间隔5-7天再喷一次，喷 2-3次。
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