大蛇丸之死篇
大蛇丸的身躯逐步迫近三年界限，连兜的药石也已无助，认为是时候以佐助的躯体进行灵界转生。另一边箱佐助认为大蛇丸该教他的全都学会了，大蛇丸的存在对其来说没有利用价值，故先发制人，冲进其房间进行刺杀。大蛇丸也不甘示弱 ，现出白鳞大蛇真身，并即席进行灵界转生。然而，他却讽刺地在自己进行转生的结界内，被佐助反吞噬及夺去一切力量。大蛇丸恶贯满盈一生，最终得到应有的下场，留下一副大蛇躯壳。後药师兜把其剩下的遗体移植到自己的左手，欲得到大蛇丸的能力，不过也被大蛇丸遗体反吞噬已达3成。
兄弟生死战篇
杀掉大蛇丸的佐助，终於跟兄长宇智波鼬重遇，并进行了宿命生死一战。 於392话中，大蛇丸潜藏在佐助的查克拉，因佐助本身对战时体力耗尽而被释放出来，大蛇丸亦因此一度控制佐助，幻化出八歧大蛇。但最终仍为宇智波鼬的绝招『须佐能乎』所克制，大蛇丸连同八歧大蛇被吸进酒葫芦的空间内。从此佐助身上的天之咒印亦告消失。
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