首先，按合同法规定，合同应该是合同当事人各执一份的，单位的做法不合法，但现实中单位的这种做法很普遍。劳动者除了到劳动部门投诉外（但这种方式的后果可能系你以后在单位中不好过），还应该注意保留你是该单位员工的证据（如盖有公章的员工证，考勤表，或者复印你在单位工作的记录，甚至穿着单位的工衣在单位内自拍等），这些证据可能在你以后的劳动仲裁中证明你和单位之间存在劳动关系。
另外，关于违约金的约定，劳动合同法是原则上否定违约金条款的效力的，就是说即使你在单位工作未满3年而离开单位，单位也无权要求你支付违约金，但特定情况下单位可以要求支付，就是单位为你提供了职业培训，付出了一定的培训费用或者你所工作的职位涉及单位的一些商业秘密，而单位在劳动合同中亦约定了员工涉露商业秘密时所应承担的违约金，在这种情况下，单位有权要求你支付约定的违约金。
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