达尔文在他的《物种起源》中已经提到了他理论有缺陷之处，而不是说推翻进化论。达尔文也承认，他的理论不仅意味着有机体的逐步发展，它们的器官也如是。在《物种起源》的第六章中，他提供了以下这个测试来检验其理论可能是伪理论：“如果我们可以证明任何复杂器官的存在，他们可能不是经过无数连续的细微修正形成的，我的理论绝对会崩溃。” 从21世纪细胞和分子生物学的角度看，结果是每一个器官都未能通过达尔文的测试，因为每一个器官要想发挥功效，要依赖于复杂的生物结构。即使是生物大分子本身也具有不能逐渐增加的复杂性。因此，达尔文主义的中心缺陷在于，它无法解释分子生物学不可简化的复杂性。这本身不仅表现在分子水平上，还有生命的起源，真核细胞，性别，以及化石记录中突然出现的新形式 — 所有这些都与整个的达尔文模式完全相反。
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