安徽工程大学有68个本科专业，其中国家级、省级特色专业14个，国家级、省级综合改革试点专业15个，国家级、省级卓越人才教育培养计划专业12个。以下专业较好：控制科学与工程省级重大建设学科，以及机械制造及其自动化、检测技术与自动化装置、纺织工程、发酵工程、管理科学与工程、设计艺术学等6个省级重点学科。
