1)投标人异议和质疑的处理
①招标人接到投标人异议和质疑后，应该首先履行接收手续，向投标人书面出具接收证明，或在投标人提供的回执上签字确认。
②大多数异议和质疑都是由于投标人不了解全面情况或对一些问题发生误解造成的，招标人应当主动、耐心地向投标人澄清、说明，消除投标人误解。
③如果投标人对招标文件和招标过程提出异议和质疑的问题确实存在，应采取措施予以纠正，并答复投标人；如经核实上述问题损害了投标人的利益、并违反法律法规或招标文件的规定，但招标人已经无法纠正的，招标人应主动向行政监督部门报告情况。
④投标人对评标结果提出的异议和质疑，招标人可以请评标委员会提出答复意见，然后根据评标委员会提出的答复意见答复投标人。属于评标委员会的评标错误，评标委员会应纠正错误，并出具评标委员会意见；如果纠正错误导致改变中标结果，招标人应公示改变后的中标结果。如果行政监督部门对招标项目的中标结果实行备案或审批管理，招标人还应将评标委员会意见报行政监督部门备案或审批，然后再答复投标人，并公示纠正的中标结果。
⑤给投标人的答复应使用书面形式并在合理的时间内作出。政府采购项目的质疑答复应在收到质疑之日起7个工作日内作出。
2)投诉的处理
行政监督部门负责招标投标的投诉处理。
招标人配合行政监督部门处理投诉时，应该注意以下几点：
①应该以理解的态度正确对待投标人的投诉。
②招标人应当认真研究投标人的投诉事项，配合调查。
③如果行政监督部门要求招标人在处理投诉期间暂停签订合同的，招标人应暂停与拟中标人的合同洽商。若合同已签订，应暂停执行，等待处理结果。
④招标人应如实提交处理投诉所需的所有招标投标的相关资料并报告有关情况。
⑤处理投诉过程中，招标人及其招标代理机构可以主动与投诉人联系，澄清、说明事实，沟通认识，消除误解。
⑥招标人及其招标代理机构对投诉处理决定无异议，应执行处理决定；有异议的，有权提出行政复议或行政诉讼。