大致与98版相同，不过在看结局之间还要在水下迷宫中找到拜月与水魔兽的合体怪兽，将其干掉后，灵儿伤口迸裂，垂死的拜月吸取灵儿流出的女娲血后，得到了不死之身，灵儿用旋风咒将逍遥和阿奴送出水面，自己则与拜月同归于尽
1)标准结局：在水下迷宫中找到拜月与水魔兽的合体怪兽，将其干掉后，灵儿伤口迸裂，垂死的拜月吸取灵儿流出的女娲血后，得到了不死之身，灵儿用旋风咒将逍遥和阿奴送出水面，自己则与拜月同归于尽。在落日的余辉映照,天蛇杖缓缓落下。
一番悲痛之后，逍遥辞别阿奴，踏上返乡之路，阿奴黯然神伤地吹笛为他送行。 风雪茫茫，逍遥举步为艰，迷茫间，远远看见雪中的一棵大树下，一个熟悉的身影在默默守候，(镜头拉近)原来是月如(这应该是圣姑所要的那36只傀儡虫的作用了)手撑一伞，怀抱忆如，正深情地望着逍遥。逍遥大步赶了上去……
盛渔村。王小虎来到十里坡顶，看见李逍遥跳向对面的山崖……十四年后，王小虎已长成身强力壮的青年了，在两个山崖中搭了一个桥，预告仙剑2代剧情……
结局视频：http://video.baidu.com/v?word=%D0%C2%CF%C9%BD%A3+%B1%EA%D7%BC%BD%E1%BE%D6&ct=301989888&rn=20&pn=0&db=0&s=0&fbl=1024
2)月如版隐藏结局：
时机：把收集的36只傀儡虫交给圣姑之前。
条件：在罗杀洞1（梦境）时，没有问土妖，金钱也必须是0。
物品：
七大毒蛊:金蚕蛊，孔雀胆，血海棠，断肠草，无影毒，三尸蛊，鹤顶红。
鞭子系列：长鞭，九节鞭，金蛇鞭。
法宝系列：吸星锁，捆仙绳，雷火珠，血玲珑。
武器系列：金童剑，玉女剑，越女剑，凤鸣刀。
暗器系列：银针，袖里剑，透骨钉，梅花镖，无影神针。
其他物品：聚宝盆，七彩玉灵芝，灵心珠，六十六只傀儡虫，九只金蚕王。
物品的收集与使用（按游戏进程顺序）
1、梦境中：第三个木箱不要打开，避开土怪。
2、梅花镖：余杭客栈逍遥房间左边的客房内--调查木床可得。
3、越女剑：苏州城外--逍遥、灵儿苏醒后拾得。
4、三尸蛊：苏州城武器行内--大门右侧。
5、袖里剑：苏州客栈救刘晋元时--从红衣强盗那偷取。
6、银针：苏州城--从两位妇女围着的一商贩那购买（另外：扬州城--从女飞贼身上偷取）。
7、长鞭：林月如自备（另外：长安城尚书府云姨房间--入口下方坛子中）。
8、无影毒：血池--有一木箱，再往前走就该打赤鬼王了。
9、血玲珑：血池底--从赤鬼王身上偷取。
10、金蚕蛊：鬼阴坛底层：地图中央一木箱，左边有一木桌。
11、九节鞭：扬州城武器行。
12、断肠草：蛤蟆洞--从金蟾鬼母那偷取。
13、玉女剑、金童剑、金蛇鞭：长安城武器行（准备好34100文钱哦！）。
14、鹤顶红：长安城澡堂--左下方紫色鲜花旁（另外：圣姑家后--与盖罗娇战斗时偷取）。
16、捆仙绳：锁妖桥--从一穿脸黑胡的胖汉那偷取。
17、金蚕王：锁妖塔第一层--有一土地属性的龙，反复进行“偷取--逃跑--遇敌--偷取”，四颗八仙石炼一个金蚕王（参考：A、大理城一隐秘小店有售，9000文/个，由城门直向前有一木梯，上去过一房间即到；B、水底迷宫的两个木箱中；C、从假巫王、合体兽身上偷取）。
18、凤鸣刀：锁妖塔第七层（与仙剑派前辈战斗的那一层）——地图上方右边那个木箱（另外：再次来到罗刹洞，从梦幻中的林月如身上偷取）。 19、灵心珠：锁妖塔剑柱--唯一的一个木箱内。
20、孔雀胆：树洞通道--入口向上，左走过一石桥，尽头有一木箱。
21、食蛊鸟（非必需物品）：
（1）获得：在桃源村，见到一只小鸡，第一次遇到会逃跑，第二次遇到并将其围在死角得到。
（2）使用：在试炼之窟第二层，有一小洞穴，可放食蛊鸟进去，食蛊鸟吃完毒虫后产下蛊卵，用于炼傀儡虫等其它蛊物。
22、七彩玉灵芝：桃花林--离开桃源村后的第二张地图--入口右边隔着一行桃树有一灵芝状物品，其右边是一潭湖水。
23、血海棠：试炼之窟--从红色九头蛇那偷取。
24、聚宝盆：试炼山神殿--地图南部一个大岛，有一木箱处于狭长过道中，且被墙半掩着。
25、金钱为零：
（1）进大理城，把身上的钱全部用于买金蚕王之类的贵重物品。
（2）或进大理城，走左边第一个岔路口，进井口上边那个房间，可怜可怜那个骗子，听他对“仙剑”花言巧语一番。
26、启动条件：回圣姑家，不要与圣姑对话，直接调查林月如后：A、屏幕闪白。B、调查林月如显示：“林月如冰冷的身躯似乎有一丝暖意。” C、上述所有物品消失。
结局：时间切换到8年后，身为蜀山代理掌门的逍遥处理完事务后回到林家堡，刚与林忠对话不到两句，后院传来尖叫之声，得知忆如被人绑架，一路追踪到隐龙窟大殿，遇到“宝家林双侠”，与其中的小飞贼对战，却发现竟是忆如在胡闹，正要教训忆如，姬三娘神秘出现，与之力战，却发现她使出了“斩龙诀”，追问，月如这才露出真容，一家人喜笑颜开 ……
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3）灵儿版隐藏结局：
时机：替圣姑去试炼窑收集36只傀儡虫之前。
物品：
咒符系列：风灵符，水灵符，土灵符，雷灵符，火灵符，天师符。
毒物系列：忘魂花，紫罂粟，醍醐香，迷魂香，尸腐肉，蝮蛇涎，缠魂丝。
毒虫系列：蜂巢，毒龙砂，赤蝎粉，化尸水。
装备系列：玉镯，丝衣，香袋，绣花鞋，仙女剑，青丝巾，青锋剑，金罡珠，五毒珠。
其他物品：青龙碧血玉，七颗女娲石，糖葫芦，寿葫芦。
物品的收集与使用
1、纯阳剑、木剑：梦境中，拿到第三个箱子中的神仙茶后，出现土怪，用木剑换下纯阳剑借出；木剑可于醒来获得。
2、风灵符、雷灵符、水灵符、火灵符、土灵符：仙灵岛迷宫的神像旁。
3、糖葫芦：水月宫灵儿房间右下角的灯笼旁（也可在苏州城当铺前一商贩买到）。
4、香袋、青丝巾、丝衣、仙女剑：灵儿自备（打死人形蜘蛛精后可得另一件丝衣）。
5、玉镯、绣花鞋、银钗：李大婶送的包袱（也可在苏州城，两妇女围着的一商贩那里买到）。
6、蜂巢：余杭村十里坡--战斗中，从蜂窝那偷取。
7、蝮蛇涎：隐龙洞--从巨型褐色蝮蛇那偷取。
8、尸腐肉：隐龙洞--木箱，位于第二个“Y”字形岔道的左支（另外：黑水镇废弃民宅--从僵尸那偷取）。
9、化尸水：隐龙洞内殿--下方屏风右边的坛子（另外：黑水镇入口一废弃药店内）。
10、忘魂花：隐龙洞内殿--与狐精战斗时偷取。
11、毒龙砂：韩医仙家外左边桃树上方{补：林家东厢房门外右下方}。
12、缠魂丝：黑水镇废弃民宅区尽头--有一民宅门口被蜘蛛网封死，进不去，调查蜘蛛网可得。
13、紫罂粟、醍醐香：在鬼阴坛灵儿离开后，打开木箱得到“炼蛊皿”，可由其它物品炼制：
紫罂粟=赎魂灯+尸腐肉/赎魂灯+蝮蛇涎 醍醐香=赎魂灯+孟婆汤/食妖虫+碧血蚕
{另外：扬州客栈柳媚娘房间--紫罂粟，房间右边一盆景旁；醍醐香，调查木床可得}
14、青锋剑：扬州城南酒店右边的武器店--将生锈铁剑交给磨刀师傅打造（需要2500文钱），离开扬州城前，取回青锋剑。
15、迷魂香：扬州城--女飞贼房屋右边城墙墙头一木箱内{扬州城姬宅密室--紫金葫芦右边一木箱}。
16、五毒珠：蛤蟆谷--打败金蟾鬼母和蛤蟆精后，调查蛤蟆精。
17、女娲石：锁妖塔第一层--有一条土地属性的龙，反复进行“偷取--逃跑--遇敌--偷取”（四颗八仙石可炼一金蚕王）。
18、金罡珠、寿葫芦：桃花林--打败木道人后得到。
19、赤蝎粉：圣姑家后门--从巨型蝎子那偷取{补：锁妖塔第十层下方一木箱}。
20、天师符：长安城卖暗器的地方或者是酒店驱妖的道士处出售，黑水镇等地也有。
21、青龙碧血玉：再次来到罗刹洞，开始一段迷宫与梦境相似，可再次遇到土怪，取回纯阳剑，得到青龙碧血玉。
使用说明：在灵儿生产后，圣姑会请李逍遥跑腿去试炼窟拿36只傀儡虫，如果这个时候，玩家具有上述的所有物品；或者收集完36只傀儡虫回到圣姑家，把傀儡虫交给圣姑之前。
对灵儿使用青龙碧血玉后：A、听到一段李逍遥在仙灵岛上偷看灵儿洗澡的音乐；B、调查灵儿显示：“赵灵儿熟睡的脸庞上洋溢着幸福的笑容……”；C、上述所有物品消失。
结局：在剧情中灵儿还是会和拜月同归于尽，不过在天蛇杖落下之时，镜头慢慢地切换成了逍遥和灵儿深情对望………8年后，仙灵岛上，忆如与六个小妖玩捉迷藏的游戏，找完后，李大娘来叫忆如回去吃饭，半路上忆如又去抓蝴蝶。逍遥只得亲自去找忆如，在水月宫外遇到灵儿，共忆往事，这时，忆如也回来了……
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※※ 标准结局：
一段制作人员列表过后，镜头回到盛渔村(逍遥的家乡)，又回到了盛鱼村，玩家操纵王小虎。王小虎来到市集的木匠店，一名蛮不讲理的客人要求换椅子，学徒小贵子请求小虎请正在修篱笆的师父回店。小虎来到十里坡下的篱笆前，把事情告诉夫木匠师傅，木匠师傅便匆匆离去。王小虎来到十里坡顶，看见李逍遥正要跳到对面的山崖，秀兰在一旁劝住。李逍遥一下子跳了过去……十四年后，王小虎已长成身强力壮的青年了，在两个山崖中搭了一个桥，又是个风卷云残，预告仙剑2代剧情……
※※ 月如结局：
一段制作人员列表过后，时间切换到8年后，身为蜀山代理掌门的逍遥处理完事务后回到林家堡，刚与林忠对话不到两句，后院传来尖叫之声，得知忆如被人绑架，一路追踪到隐龙窟大殿(沿途可发现散落的忆如衣物)，遇到“宝家林双侠”，与其中的小飞贼对战(不须打，只要防守几个回合即可)，却发现竟是忆如在胡闹，正要教训忆如，姬三娘(不要说忘了她是谁)神秘出现，与之力战(必须战胜)，却发现她使出了“斩龙诀”，追问，月如这才露出真容，一家人喜笑颜开 ……
※※ 灵儿结局：
在剧情中灵儿还是会和拜月同归于尽，不过在天蛇杖落下之时，镜头慢慢地切换成了逍遥和灵儿深情对望………
一段制作人员列表过后，时间切换到8年后，仙灵岛上，忆如与六个小妖玩捉迷藏的游戏(其中有个叫阿皮的比较难找，须沿进岛方向在下方有树一侧慢慢调查)，找完后，李大娘来叫忆如回去吃饭，半路上忆如又去抓蝴蝶。逍遥只得亲自去找忆如，在水月宫外遇到灵儿，共忆往事，这时，忆如也回来了……
但是灵儿跟月如结局都是逍遥的一个梦而已，只是为了满足玩家的美好愿望
赵灵儿隐藏结局
触发时机：灵儿生产后，收集36只傀儡虫交给圣姑之前
触发条件：在一开始的梦境中借剑给土妖
使用说明：在灵儿生产后，圣姑会请李逍遥跑腿去试炼窟拿36只傀儡虫，如果这个时候，玩家具有上述的所有物品；或者收集完36只傀儡虫回到圣姑家，把傀儡虫交给圣姑之前。
对灵儿使用青龙碧血玉后：A、听到一段李逍遥在仙灵岛上偷看灵儿洗澡的音乐；B、调查灵儿显示：“赵灵儿熟睡的脸庞上洋溢着幸福的笑容……”；C、上述所有物品消失。
一、所需要的物品
1、青龙碧血玉、七颗女娲石、糖葫芦 。
2、玉镯、绣花鞋、香袋、青丝巾、丝衣、银钗。
3、青锋剑、仙女剑、木剑。
4、五毒珠、金罡珠、寿葫芦。
5、咒符各一：风灵符、雷灵符、水灵符、火灵符、土灵符、天师符。
6、毒虫各一：蜂巢、赤蝎粉、毒龙砂、化尸水。
7、毒物各一：尸腐肉、蝮蛇涎、缠魂丝、忘魂花、紫罂粟、醍醐香、迷魂香。
二、物品的收集与使用
1、纯阳剑、木剑：梦境中，拿到第三个箱子中的神仙茶后，出现土怪，用木剑换下纯阳剑借出；木剑可于醒来获得（也可在十年前余杭县盛渔村林记木匠铺买到）。
2、风灵符、雷灵符、水灵符、火灵符、土灵符：仙灵岛迷宫的神像旁。
3、糖葫芦：水月宫灵儿房间右下角的灯笼旁（也可在苏州城当铺前一商贩买到）。
4、香袋、青丝巾、丝衣、仙女剑：灵儿自备（打死人形蜘蛛精后可得另一件丝衣）。
5、玉镯、绣花鞋、银钗：李大婶送的包袱（也可在苏州城，两妇女围着的一商贩那里买到）。
6、蜂巢：余杭村十里坡--战斗中，从蜂窝那偷取。
7、蝮蛇涎：隐龙洞--从巨型褐色蝮蛇那偷取。
8、尸腐肉：隐龙洞--木箱，位于第二个“Y”字形岔道的左支（另外：黑水镇废弃民宅--从僵尸那偷取）。
9、化尸水：隐龙洞内殿--下方屏风右边的坛子（另外：黑水镇入口一废弃药店内）。
10、忘魂花：隐龙洞内殿--与狐精战斗时偷取。
11、毒龙砂：韩医仙家外左边桃树上方{补：林家东厢房门外右下方}。
12、缠魂丝：黑水镇废弃民宅区尽头--有一民宅门口被蜘蛛网封死，进不去，调查蜘蛛网可得。
13、紫罂粟、醍醐香：在鬼阴坛灵儿离开后，打开木箱得到“炼蛊皿”，可由其它物品炼制：
紫罂粟=赎魂灯+尸腐肉/赎魂灯+蝮蛇涎 醍醐香=赎魂灯+孟婆汤/食妖虫+碧血蚕
{另外：扬州客栈柳媚娘房间--紫罂粟，房间右边一盆景旁；醍醐香，调查木床可得}
14、青锋剑：扬州城南酒店右边的武器店--将生锈铁剑交给磨刀师傅打造（需要2500文钱），离开扬州城前，取回青锋剑。
15、迷魂香：扬州城--女飞贼房屋右边城墙墙头一木箱内{扬州城姬宅密室--紫金葫芦右边一木箱}。
16、五毒珠：蛤蟆谷--打败金蟾鬼母和蛤蟆精后，调查蛤蟆精。
17、女娲石：锁妖塔第一层--有一条土地属性的龙，反复进行“偷取--逃跑--遇敌--偷取”（四颗八仙石可炼一金蚕王）。
18、金罡珠、寿葫芦：桃花林--打败木道人后得到。
19、赤蝎粉：圣姑家后门--从巨型蝎子那偷取{补：锁妖塔第十层下方一木箱}。
20、天师符：长安城卖暗器的地方或者是酒店驱妖的道士处出售，黑水镇等地也有。
21、青龙碧血玉：再次来到罗刹洞，开始一段迷宫与梦境相似，可再次遇到土怪，取回纯阳剑，得到青龙碧血玉。
林月如隐藏结局
触发时机：灵儿生产后，收集36只傀儡虫交给圣姑之前
触发条件：在一开始的梦境中没有遇过土妖，且于调查月如冰冷的躯体时（启动结局前），金钱为零。（可至大理城向骗子买仙剑）
使用说明：在灵儿生产后，圣姑会请李逍遥跑腿去试炼窟拿36只傀儡虫，如果这个时候，玩家具有下述的所有物品并且符合触发条件；或者收集完36只傀儡虫回到圣姑家，不要与圣姑对话。
直接调查林月如后：A、屏幕闪白，看到林月如身上发出光芒。B、调查林月如显示：“林月如冰冷的身躯似乎有一丝暖意。” C、上述所有物品消失，酒神咒消失。
一、所需的物品
1、66只傀儡虫、九只金蚕王。
2、灵心珠、聚宝盆、七彩玉灵芝。
3、七大毒蛊各一：三尸蛊、鹤顶红、孔雀胆、血海棠、断肠草、金蚕蛊、无影毒。
4、全套暗器各一：梅花镖、银针、袖里剑、透骨钉、无影神针。
5、全套法宝各一：雷火珠、血玲珑、吸星锁、捆仙绳。
6、月如专用鞭子：长鞭、九节鞭、金蛇鞭。
7、玉女剑、金童剑、越女剑、凤鸣刀。
二、物品的收集与使用
1、梦境中：第三个木箱不要打开，避开土怪。
2、梅花镖：余杭客栈逍遥房间左边的客房内--调查木床可得。
3、越女剑：苏州城外--逍遥、灵儿苏醒后拾得。
4、三尸蛊：苏州城武器行内--大门右侧。
5、袖里剑：苏州客栈救刘晋元时--从红衣强盗那偷取。
6、银针：苏州城--从两位妇女围着的一商贩那购买（另外：扬州城--从女飞贼身上偷取）。
7、长鞭：林月如自备（另外：长安城尚书府云姨房间--入口下方坛子中）。
8、无影毒：血池--有一木箱，再往前走就该打赤鬼王了。
9、血玲珑：血池底--从赤鬼王身上偷取。
10、金蚕蛊：鬼阴坛底层：地图中央一木箱，左边有一木桌。
11、九节鞭：扬州城武器行。
12、断肠草：蛤蟆洞--从金蟾鬼母那偷取。
13、玉女剑、金童剑、金蛇鞭：长安城武器行（准备好34100文钱哦！）。
14、鹤顶红：长安城澡堂--左下方紫色鲜花旁（另外：圣姑家后--与盖罗娇战斗时偷取）。
15、吸星锁：将军冢--从白无常那里偷取，锁妖塔--从黑无常那里偷取。
16、捆仙绳：锁妖桥--从一脸黑胡的胖汉那偷取。
17、金蚕王：锁妖塔第一层--有一土地属性的龙，反复进行“偷取--逃跑--遇敌--偷取”，四颗八仙石炼一个金蚕王（参考：A、大理城一隐秘小店有售，9000文/个，由城门直向前有一木梯，上去过一房间即到；B、水底迷宫的两个木箱中；C、从假巫王、合体兽身上偷取）。
18、凤鸣刀：锁妖塔第七层（与仙剑派前辈战斗的那一层）——地图上方右边那个木箱（另外：再次来到罗刹洞，从梦幻中的林月如身上偷取）。
19、灵心珠：锁妖塔剑柱--唯一的一个木箱内。
20、孔雀胆：树洞通道--入口向上，左走过一石桥，尽头有一木箱。
21、食蛊鸟（非必需物品）：
（1）获得：在桃源村，见到一只小鸡，第一次遇到会逃跑，第二次遇到并将其围在死角得到。
（2）使用：在试炼之窟第二层，有一小洞穴，可放食蛊鸟进去，食蛊鸟吃完毒虫后产下蛊卵，用于炼傀儡虫等其它蛊物。
22、七彩玉灵芝：桃花林--离开桃源村后的第二张地图--入口右边隔着一行桃树有一灵芝状物品，其右边是一潭湖水。
23、血海棠：试炼之窟--从红色九头蛇那偷取。
24、聚宝盆：试炼之窟山神殿--地图南部一个大岛，有一木箱处于狭长过道中，且被墙半掩着。
25、雷火珠、透骨钉、无影神针：长安城有个卖暗器的地方出售（在澡堂外面的可以出围栏的地方绕到围栏外面，然后一直从围栏外面走到那边去。）；大理城一小店也有售。
26、金钱为零：
（1）进大理城，把身上的钱全部用于买金蚕王之类的贵重物品。
（2）或进大理城，走左边第一个岔路口，进井口上边那个房间，可怜可怜那个骗子，听他对“仙剑”花言巧语一番。
一般结局
三人再次与拜月教主交战。经过艰辛的斗争，终于再次战胜拜月教主。赵灵儿在战斗中不镇使背后的伤口裂开，血液流到水中，竟被临终的拜月教主吸取（赵灵儿流有女娲血统）而得到不死身。拜月教主准备再次对付三人，赵灵儿急忙使用风咒送李逍遥和阿奴上地面。可怕的拜月教主冲塌了地面，掀起了洪水淹没了南绍城。阿奴不镇被卷入水中，李逍遥匆忙潜入水中营救阿奴。赵灵儿使用全身灵力，决定完成娘亲未完成的事情，以自己的身体自身爆破封印拜月教主。战斗结束。夕阳，李逍遥和阿奴站在屋顶，只看见赵灵儿的天蛇杖回到地面，却不见赵灵儿的身影。李逍遥也要离开阿奴踏上回归的路。依依不舍的阿奴在山头吹起送别的笛声。回归的路上，李逍遥遇见了复活的林月如（这就是圣姑要你找36条傀儡虫的作用了），正抱着忆如，等待着李逍遥……职员表完了之后，又回到了盛鱼村，玩家操纵王小虎。王小虎来到市集的木匠店，一名蛮不讲理的客人要求换椅子，学徒小贵子请求小虎请正在修篱笆的师父回店。小虎来到十里坡下的篱笆前，把事情告诉夫木匠师傅，木匠师傅便匆匆离去。王小虎来到十里坡顶，看见李逍遥正要跳到对面的山崖，秀兰在一旁劝住。李逍遥一下子跳了过去……十四年后，王小虎已长成身强力壮的青年了，在两个山崖中搭了一个桥，又是个风卷云残，预告仙剑2代剧情……
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