鸟类起源的研究，经过了主要这样的一些阶段。
1868年，赫胥黎提出了鸟类起源于恐龙的假说。赫胥黎是英国著名的一个生物学家，也是达尔文进化论的坚定支持者，同时他也是首先提出鸟类起源于恐龙学说的一位学者。
到了1927年，丹麦古生物学家海尔曼在他1927年发表了一本非常经典的著作《鸟类的起源》书中提出，鸟和恐龙虽然十分相似，但恐龙因为已经十分特化，所以鸟类可能不会从恐龙直接起源，而是和恐龙有一种共同的祖先，这就是槽齿类。所谓槽齿类，就是说比恐龙更加原始的一种化石类群，这个类群被认为是产生了恐龙、鸟类、鳄鱼等现代一些主要的脊椎动物大的类群，它出现的时代可能会更早一点，比侏罗纪、白垩纪还要早的三叠纪出现。这种学说从提出来以后，一直盛行了大概有半个世纪。
从1973年到1985年，恐龙起源说再次复兴。学者在研究脊椎动物化石的时候，发现有一块被鉴定成翼龙的化石具有羽毛，进而找到了另外一件始祖鸟化石。 这种偶然的发现，使学者将鸟类和恐龙的关系连接到了一起。1986年一直到现在，恐龙起源学说不断盛行，越来越多的化石证据支持了这样的一种假说。
来自于我国的带毛的恐龙，如中华龙鸟是第一个身上保存真正的分叉羽毛的恐龙化石。该化石的发现，引起了国际古生物学界很大的轰动，被认为是鸟类起源于恐龙的学说最重要最新的证据。甚至有学者提出恐龙没有绝灭，我们所见到的现生的鸟类都是恐龙，生活在南美的蜂鸟当然就自然而然成为最小的恐龙。
鸟类的起源是复杂的问题，当更多证据被发现后，或许还有其他的解读（现在普遍认为，中华龙鸟是鸟类最早的祖先）。
美国古生物学家罗伯特?巴克曾经表示说，恐龙并不像人们所想象的那样，现在它们还在天空中飞翔！这样的话语无疑震惊了很多人。其实，这不仅是20世纪70年代古生物学界那一场论战的延续，也是罗伯特?巴克毕生研究的最终成果。
对物种恐龙的争论
人们对恐龙化石的研究约有160年的历史了，“恐龙”这一名称就是由英国古生物学家欧文于1842年创建的。
人们总是把恐龙描绘成像蜥蜴那样的动物，认为它们懒惰、迟钝，所以最后在演变的竞争中输给了哺乳动物，最终灭绝，这种观点的支配作用一直持续到20世纪60年代。直到美国耶鲁大学教授奥斯特罗姆在对一块1964年出土的恐龙化石进行研究后，他认为恐龙是一种非常善于捕杀猎物的动物，所以它的动作一定非常敏捷，行为也非常活跃。1969年，他大胆提出了自己的看法，表明恐龙并不是冷血、呆头呆脑的爬行动物。作为学生的巴克于是决定亲自对恐龙的生活方式进行调研。到了20世纪后半叶，国际古生物学界围绕着恐龙是否是热血动物、恐龙是不是已经不存在展开了一场论战。
鸟类源于恐龙，恐龙仍在飞
1998年3月，美国古生物学家表示他们发现了鸟类源于恐龙的证据：1995年在马达加斯加岛所发现的鸟类化石具有明确的恐龙特征。
我国科学家对有关鸟类是否起源于恐龙也进行了大量的研究，也提出了不同的看法。中科院古脊椎动物与古人类研究所的研究员董枝明表示说，本国科学家在辽宁省西部地区发现了大批早期的鸟类化石，其中包括原始祖鸟、孔子鸟、中华龙鸟等，但是并没有彻底解决那一场争论，反而使鸟类的起源和进化变得更加错综复杂起来。
1999年6月，侯连海教授和周忠和博士和国际著名鸟类学家通过对孔子鸟类群——杜氏孔子鸟的研究，一起在英国《自然》杂志上撰文，表明鸟类并非起源于恐龙。与此观点相反的是，中国青年学者徐星、汪筱林和吴肖春又在后来出版的《自然》杂志上公布了他们的最新研究成果。他们一致认为，一种形态上非常接近于驰龙的小型兽脚类恐龙足以证明鸟类很可能起源于恐龙。
大部分学者都认为是恐龙。
始祖鸟究竟是恐龙还是鸟类？
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