1998年，世界自然保护联盟宣告崖柏灭绝，我国《国家重点保护野生植物名录》也将它的名称抹去。
然而，1999年10月，重庆市国家重点保护野生植物骨干调查队在城口考察时，重新发现了已“消失”的崖柏野生居群，并在2000年的《植物杂志》上，向世界宣布：“崖柏没有绝灭”。
由崖柏的结子母株非常稀少，自然更新困难。野生居群现处于极度濒危状态，急待加强保护。
2011年4月25日，重庆开县境内发现一棵高约30米，围径2.37米的崖柏，成为全世界迄今为止发现的最为高大、粗壮的崖柏。据中国林科院专家的初步估算，其树龄约为100年。
2012年7月26日，重庆大巴山国家级自然保护区管理局工作人员在野外调查工作中，在城口县咸宜乡明月村杨家岩意外发现一棵崖柏树。
这棵崖柏生长在一处绝壁之上，其根部深深的深入崖壁缝隙之中，将整棵树牢牢地固定在悬崖之上，树龄约500年至600年，就目前大巴山自然保护区调查到的崖柏而言，发现这样粗大、古老的崖柏单株尚属首次，堪称崖柏“树王”。
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