区别是，全资子公司：股东只有大公司一个，大公司拥有100%的股权
控股子公司：股东除了大公司还有其他股东（也就是说子公司的股东至少是2人或以上），在所有股东中，大公司的股权比例是最大的一个或者股权比例虽然不是最大，但有子公司的实际的控制权和经营权
全资控股子公司是指母公司全资控股公司，而二级全资控股子公司则是子公司全资控股该公司，两者所处的等级不同，从而对于两者来说区别是所属母公司不同。二级全资控股公司隶属于子公司，而子公司隶属于母公司。同时，对于二级子公司而言一般在子公司控股达到50%以上即可算做完全控股。
子公司是指一定数额的股份被另一公司控制或依照协议被另一公司实际控制、支配的公司。子公司拥有自己所有的财产，自己的公司名称、章程和董事会，以自己的名义开展经营活动、从事各类民事活动，独立承担公司行为所带来的一切后果和责任，但涉及公司利益的重大决策或重大人事安排，仍要由母公司决定。
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