A、基因工程经常以抗生素抗性基因为标记基因,A错误;B、通过转基因技术可获得抗虫的粮食作物,这样可以减少农药使用,粮食的产量也有所增加,B正确;C、在基因工程,通常使用同一种限制酶切割目的基因和运载体,使它们产生相同的黏性末端,以便形成重组质粒,C错误;D、基因工程中常用的工具酶有DNA连接酶、限制性核酸内切酶,运载体不属于工具酶,D错误.故选:B.