传统的观点认为，蛋白质的一级结构决定它的三维结构，也就决定了其功能。因此，常通过已知的蛋白质序列比对来预测未功能，或者是通过序列来预测蛋白质的一些功能。例如，分析所获序列是否与已知蛋白质序列相似；所获序列是否含有特殊蛋白质家族或功能的保守残基。
