看的事TV版和旧剧场版吧。。。很早以前看的，有些记不得了，大概瞎说一下：
1，初号机就是储存了唯的灵魂的一个机体，不是莉莉丝的肉体制造。
2，S2机关是吃使徒获得的。
3，丽是唯的细胞复制的复制人。
4，第二次冲击就是南极科学家误操作造成亚当觉醒，死了一大半人。使徒与亚当接触、人类补完计划都会造成第三次冲击。
5，是的，此片内独白就是一个内心鼓励少年敞开心扉的故事。出了就是他不改变主意了，就出来呗。
关于你问的问题，很多答案我可能说的都不对，你可以去百度EVA贴吧看，里面很多大神。
还有呢，新的剧场版已经重做了。。。还不知道么。。。里面有很多新的解释，因为是重做，所以和旧的剧场版不能做比较，现在分析有很多，没出第四部还真不说。
http://my.tv.sohu.com/us/50333101/50183826.shtml
这里有一些解释，但没有讲到新剧场版，不过看完还是有一种豁然开朗的感觉
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