办理国有土地使用权证和集体土地证不是你说了算的，根据你的说法，你该是国有土地，你的房产证都办理了，说明你们的管理很混乱，应该是先有地后有房，最好能办理为商业用地，相对应你的费用也会高！你还需要把房产证也得变更用途，这得让你所在地的规划局出手续！
中国实行土地和房屋分开管理，因土地为国家所有或者集体所有
根据你说的，房产证是不是仅指房屋所有权证，因有些房产证是包含土地的
如果你说的房产证仅指房屋所有权证，那么这两者的赔偿额度一定是有区别的，只有房屋所有权证的只能证明房屋是你的，而土地使用权不是合法的，一般可能是行政划拨用地，补偿的时候需要扣减一定的土地价款
如果你说的房产证是指房地产证，那么就说明这两者赔偿是一样的，房地产证能办下来的基础就是土地已经是合法的了
国家没有明确的法律规定，各个地方的管理不一样，参照的法律就是房屋登记管理条例，土地管理法，城市房地产管理法等等。
肯定是国有土地使用证了！国有土地证是按城市拆迁条例，集体土地证是按土地管理法来征收你的房屋标准不一样
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