A、基因重组是生物体进行有性生殖的过程中控制不同性状的基因的重新组合，进而形成新的基因型，则后代存在差异的主要原因是基因重组，如一娘生9子，个个皆不同，A正确；B、基因突变具有低频性，且发生在所有的生物体内，B错误；C、染色体畸变也非常少见，所有的真核生物都能发生，不一定发生在有性生殖过程中，C错误；D、由于环境条件改变而引起的变异不遗传，也不是变异的主要原因，D错误．故选：A．
