A、不同种或同种在不同的培养条件下，菌落特征是不同的．这些特征对菌种识别、鉴定有重要意义，A正确；B、菌落是在适宜固体培养基表面或内部生长繁殖到一定程度，形成肉眼可见的子细胞群落，B正确；C、每个菌落由大量同种细菌组成，C错误；D、S型肺炎双球菌由于菌体外有荚膜，可以形成表面光滑的菌落，D正确．故选：C．
