1939年前属长汀县飞地贴长乡，梅花山自然保护区地理位置得天独厚，野生动植物资源极为丰富。
为了保护梅花山珍贵森林生态系统和奇特的自然景观。
1985年5月，福建省人民政府批准建立闽西梅花山自然保护区。
1988年9月经国务院批准，梅花山自然保护区升列为国家级森林和野生动物类型自然保护区。
1992年2月，在原林业部和世界自然基金会联合召开的“中国自然保护优先领域研讨会”上，保护区以“现存华南虎数量最多、活动最频繁的区域”被确定为“对全球有影响、具有国际意义的”世界A级自然保护区。
1992年11月，在中国生物多样性保护行动计划第二次研讨会上，保护区以“物种丰富、特有种多，在东亚植物区系中为华中、华南、华东区系交汇处”，列入《中华人民共和国生物多样性保护行动计划》“中国优先保护生态系统名录”和“森林生态系统的优先保护区”；1993年加入中国人与生物圈保护区网络。
1998年，根据国家林业局的《关于进一步加强国家级自然保护区管理的通知》精神，龙岩市委机构编制委员会批准，福建梅花山国家级自然保护区管理处更名为“福建梅花山国家级自然保护区管理局”。
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