A、该化合物含有2个肽键，是由3个氨基酸脱水缩合形成的，称为三肽，A正确；B、氨基酸的不同种类决定于R基，即图中②④⑥，B正确；C、该多肽链中含有2个羧基、1个氨基，C错误；D、该多肽链在形成过程中共脱去2分子水，因此相对分子质量减少18×2=36，D正确．故选：C．
