酱油发酵是多种微生物的共同作用，其中有霉菌、酵母菌和细菌。
霉菌主要有米曲霉和黑曲霉，作用是把原料中的蛋白质和淀粉等大分子物质分解为小分子的肽、氨基酸、糖等。在为其他微生物提供营养的同时，也有助于形成酱油的风味。
酵母菌主要是鲁氏酵母和结合酵母，它们的共同特点是能耐高渗透压，因为酱油发酵时要加盐，渗透压很高。这些酵母菌的酒精发酵能力都不很高，主要作用是形成一些琥珀酸、甘油、糖醇及少量酒精，主要是形成酱油的风味。
细菌主要是乳酸发酵菌，主要作用是产生乳酸，再与酒精反应生成酯，增加酱油的香味。也可以促进酵母菌的生长。
大致就是这样。
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