A、共同进化是指不同物种之间，生物与无机环境之间，在相互影响中不断进化和发展，而共同进化的结果是形成生物多样性，A正确；
共B、隔离产生后，自然选择对不同种群基因频率的改变所起的作用是有差别的，B正确；
C、自然选择能使种群基因频率发生定向改变，而生物进化的实质是种群基因频率的改变，因此生物的进化也是定向的，C正确；
D、某种抗生素长期使用药效下降，这是由于抗生素对病原体进行了选择，淘汰不抗药的个体，保留抗药的个体，D错误．
故选：D．
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