1、体内水分缺失: 颅内的脑脊液和身体的血液、组织液不断交换，保持平衡。当身体丢失较多水分时，脑室的脑脊液也会减少，压助降低，囟门便会明显凹陷。如婴儿因呕吐、腹泻后出现这种症状，说明身体已中等程度的脱水，要及时补充水分，否则，因婴儿自然调节能力差，耐受力不足，可能发生循环衰竭，有生命危险。
2、喂养不当: 由于喂养不当造成重度营养不良的极度消瘦婴儿也会出现囟门凹陷，此时需加强营养，合理喂着。
3、极少数婴儿因为胚胎时母体感染或因其他疾病大脑发育不良，头颅较小。出生时头围小，出生后5-6个月 囟门即提前闭合，造成小头畸形;头小而尖，前额狭窄，鼻梁塌陷，下颌小而后缩，同时伴有智力落后。甲状腺机能低下所致的呆小症患儿，囟门也会迟迟不闭;同时有眉手少而炎,鼻梁塌陷，两眼距离宽，智力迟钝等，可用甲状腺素治疗。
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