合成是在游离的核糖体上合成的，内质网是加工。
但是胞内蛋白不一定都需要加工
细胞质基质蛋白，线粒体、叶绿体部分蛋白、核蛋白等胞内蛋白。它们不需要经过内质网、高尔基体加工。
膜蛋白、分泌蛋白、溶酶体蛋白等蛋白。它们需经内质网加工成为较成熟蛋白，再经高尔基体进一步加工(如对内质网进行的糖基化做进一步修饰、及进行其特有的糖基化：O-连接糖基化。还有蛋白酶原的水解等)成为成熟蛋白，再分拣、浓缩、包装，分泌到胞外或输送到胞内各膜结构上。
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