JavaEE的开发一般在Windows下进行，但运行环境可以在Linux或UNIX之上。由于Windows环境下操作比较方便，故开发工作多在Windows下进行。
招聘要求熟悉UNIX系统的，一般是考虑开发的系统可能会运行于UNIX环境之中，或者用户要求运行于UNIX环境中。故会要求熟悉UNIX系统，知道在UNIX系统下运行部署你的应用系统。 另外Linux环境与UNIX环境下的操作基本相似，故对LINUX熟悉的也可以考虑应聘该职位。
做JavaEE和操作系统无关，windows下比较方便，需要的话做好再部署到linux服务器上就好了。
招聘需要linux是因为开发好的系统很多需要部署在linux服务器上，主要就是linux基本操作，服务器的配置这些，你去找j2ee 在linux上部署的相关资料看看吧！
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