（1）适宜推广的生态区域不同。通过国家级审定的主要农作物品种由农业部公告，可以在全国适宜的生态区域推广。通过省级审定的主要农作物品种由省、自治区、直辖市农业主管部门公告，只能限定在本行政区域内适宜的生态区域推广；相邻省、自治区、直辖市属于同一适宜生态区的地域，须经所在省、自治区、直辖市农业行政主管部门同意后方可引种。
（2）审定的品种范围不同。国家审定的范围只有《种子法》规定的5种主要农作物和农业部规定的2种主要农作物；各省（自治区、直辖市）审定的主要农作物除以上规定的7种外，还包括各省（自治区、直辖市）自行规定的1～2种主要农作物。
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