目前广泛应用的标记基因为除草剂抗性基因和抗生素抗性基因。新霉素磷转移酶II (NPT II)基因是目前最普遍利用的选择标记，其次是潮霉素磷酸转移酶（HPT）基因和二氢叶酸还原酶（DHFR）基因，它们分别可以使转化细胞产生对卡那霉素、G-148、巴龙霉素等氨基糖苷类抗菌素、潮霉素和氨甲喋呤的抗性。除草剂抗性基因主要有草甘膦抗性基因和草胺膦抗性基因。
